今日自闭症感觉统合训练是自闭症儿童感官训练的重要内容，但是目前国内的感觉统合训练还存在很多问题和缺陷。
1．训练难以兼顾各个程度的儿童。孤独症作为一种谱系障碍，个体差异较大，每个孤独症儿童都有其独特的行为表现。有的儿童平衡能力较差，不能自如地跨越障碍设施，不敢走平衡木等，而有的儿童协调能力很好，几乎能完成每项活动。随着时间的推移这些协调能力好的儿童，在感统室对各项器材都能较灵活应用，因而易产生厌倦情绪，上课时间只是随意根据个人喜好玩一种或几种器材，感觉统合训练对他们来说没能起到有针对性地改善其某方面功能不足、或通过训练延伸提高儿童的其他方面能力的实质性作用。
2．训练缺乏统一性和规范性，动作准确度不够及练习次数不稳定。感觉统合训练不似书本教育，基本没有统一的训练纲要和一致的目标要求，由于各种原因，许多教师也顾及不到儿童在活动中的动作是否规范，训练程度是否达到要求等问题。有时因为儿童的情绪异常或其他原因而忽略动作的准确性和训练次数。例如跳床一项、，只是机械地通过跳跃次数认定结果，有时又根据儿童的情绪或爱好少做或多做，很少考虑儿童的接受程度、厌倦程度以及动作的规范性等。
3．训练中缺乏小组互动和游戏环节。与一般儿童不同，孤独症儿童对外界不感兴趣，他们更喜欢沉浸在个人世界里独自从事一项活动。尤其在感觉统合训练室里，儿童面对的多是游戏设施，在活动过程中大部分时间是自己完成一项活动或任务，缺乏与他人的交流互动。
4．训练内容和形式有待创新，训练器材有待开发。感觉统合训练是由训练者依据一定的训练目的，使用一定的器材，指导训练对象进行的一种游戏活动。因此训练活动的趣味性对于吸引儿童注意力非常重要，而训练内容和器材恰恰是实现活动有趣、生动的关键。但是，目前感觉统合训练内容单一，器材种类远远不能满足训练需要，器材重复单调地使用又使得儿童的兴趣明显降低。另外，教师对各种器材的功用缺乏全面深入了解，只是局限于某一方面功能的应用。
5．家庭缺少对儿童的配合训练。教师在训练过程中只注意矫正儿童体能、动作、行为等方面的问题，却忽视了与家长配合、指导家长在家中应用相关器材对儿童做进一步训练，家长自身也很少再主动对儿童进行随机训练。