今日自闭症融合教育就是让特殊孩子（这里指自闭症孩子）和普通孩子在同一个环境一起学习，一起分享教育资源的一种安置方式。虽然融合教育在一直在推行，但是在这个过程中还是遇到了很多困难。
整体的接受度不高
还有绝大多数人对于融合教育是不理解的，因此在推行的过程中遇到了阻碍。首先整个社会大众的不理解，导致很多学校不够重视，因此很多幼儿园及普小的融合教育并没有做起来；其次是家长们的不接纳，他们认为班级里有这样的孩子会影响教学进度，会带坏自己班里的孩子，所以非常排斥与特殊孩子在一个教室学习。他们会通过各种各样的方式给学校施压，目的就是把这些孩子赶出去。再次就班主任方面，班里有这样的孩子增加了班级的管理难度，同时孩子的成绩也会影响到老师的绩效考核，因此老师也不欢迎这类孩子的加入；最后就是同伴关系，特殊孩子在普通班学习，很容易受到其他小朋友的的歧视和欺负，因此也会导致融合困难。
特教资源有限
如今我国融合教育最主要的形式就是随班就读。随班就读并不是直接把特殊孩子放在普通班就行了，它要求学校必须配备专门的资源教室以及需要请专业的资源教师。很多学校并没有做到这样，因此即使孩子在进行着融合教育，成效也不大，甚至在里面混日子，浪费时间。
自闭症孩子自身的问题
并不是每一个自闭症孩子都可以到普通学校去进行融合教育的，能够去进行融合教育的孩子能力首先是过关的。那么问题又来了，很多自闭症孩子是达不到这个能力的，也就是说他们并没有进行融合教育的能力，如果强行送进去融合，反而是在浪费他们的时间。
