今日自闭症细胞代谢的初期染色体的活跃性会提高，这时很容易受因外界环境更改而造成的伤害，造成危害的影响因素包含辐射源、感柒、化学污染或基础代谢的改变。1960〜1970年中间研究强调，大约是10%的荨麻疹孕妇产中的宝宝之后身患自闭症。
在美国密苏里州的一个小镇上，自闭症非常普遍，欢迎来到美国自闭症患病率最高的地方，这一镇上恰好坐落于一家太阳眼镜生产公司的烟筒下新风风口，这就意味着自然界中有害物质的环境污染可能造成自闭症患儿的造成。一种可能的解释是感柒或空气污染会诱发免疫系统的全自动反映，即免疫系统会像进攻外界病毒感染一样主动进攻自已的健康细胞，从而造成了自闭症，其基本原理与糖尿病的病因是一致的。
有些人检验了自闭症患者血液中IFN-y、IL-IRA、IL-6和TNF-a的成分和脑组织中MCP-1、IL-6、IFN-丫、IL-8、MIP-lp的成分，发觉他们和其它炎症的症状类似，免疫细胞及调节性细胞因子都明显提升，这种免疫因子在免疫反应中起到重要意义，它们出现异常提醒大家免疫功能的阻碍可能与自闭症的产生或发展趋势相关。
专家检验了孤独症患者的脑部中颞叶皮层、扣带回和丘脑三个地区的神经星形胶质细胞和星形胶质细胞的免疫反应，发觉他们比正常人的免疫反应更活跃性，另一免疫反应的主要标示一一脑组织里的体细胞女性激素都比平常人高。这些都说明，跟普通人对比，自闭症患儿的人的大脑和丘脑都存在着发炎。
生物学的检测发觉自闭症儿童的免疫力数据信号蛋白水准稍低；免疫系统中脊髓所产生的体细胞和颗粒淋巴结細胞比正常水准各自高20%和40%,表明了自闭症与免疫系统有关，但孰因孰果还需要深入分析。
韦克菲尔德（Wakefield）发觉自闭症与注入荨麻疹、痄腮、荨麻疹三合一疫苗相关。这导致了家长们的极度恐慌，因此美国小儿科研究会专业集结各领域的专家对此项科学研究作出了考察，研究表明分离注入荨麻疹、流行性腮腺炎和荨麻疹疫苗与与此同时注入对导致自闭症并无差异；注射了三合一疫苗的儿童和未注射幼儿的自闭症发病率也无差异；实行三合一疫苗疫防方案之前和之后，自闭症的发病率也没变化；这种科学研究都没有找到三合一疫苗与自闭症相关的证据。
密特朗（Kennedy）觉得水杨乙汞（Thimerosal,一种带有有机化学液态水银的疫苗添加剂）可能和自闭症相关，他阐述了水银中毒和自闭症症状的共同之处，并指出并没有接纳疫防注入的某宗教团体中儿童自闭症的发病率比较低，虽然美国病症管制中心回应说水杨乙汞并不是自闭症的发病缘由，但迫不得已群众的担忧仍于1999年发布公布申明，规定制药厂停用水杨乙汞做为疫苗添加剂。但之后儿童自闭症的发病情况在每个地方却出现了反过来的结果，美国停止使用水杨乙汞后儿童自闭症的发病率确实明显下降，但在荷兰却持续上升。现阶段，对于水杨乙汞到底是不是自闭症元凶的争执还在继续。